多肽固相合成技术的发明有效促进了多肽合成的自动化。20世纪80年代初期出现的第一台真正的多肽合成器，利用氮气鼓泡搅拌反应物，通过计算机程序控制实现了有限的自动合成。虽然各功能方面都有明显的缺陷，但它毕竟把人从实验室里解放出来，大大提高了工作效率。
随着多肽科学的发展，科学家也对合成器提出了更高的要求，从而带动了合成器的发展。多肽合成仪非常适合合成具有一定难度和长度的多肽，被高校、科研机构、制药企业广泛应用于一般的多肽研究、多肽药物和疫苗的开发、药证申请等。多肽的合成实现全过程自动调控，氨基酸和试剂的添加、搅拌速度、反应时间等可通过模块化程序设定。
多肽合成仪以固相合成为反应原理，在密闭防爆玻璃反应器中按已知顺序〔序列，一般为C端羧基末端至N端氨基末端〕不断添加、反应、合成、操作最终得到多肽载体。固相合成法大大减少了每一步产品精制的难度。为了防止副反应，参与反应的氨基酸侧链都受到保护。羧基末端是游离的，在反应之前必须活化。固相合成方法有Fmoc和tBoc两种。由于Fmoc比tBoc有更多的优势，目前多采用Fmoc法合成，但对于部分短肽，tBoc以其产率高的优势仍然被许多企业采用。
多肽合成仪合成步骤。
1、脱保护：受Fmoc保护的柱和单体必须用碱性溶剂(piperidine)去除氨基保护基团。
2、活化与交联：下一个氨基酸的羧基被活化剂活化。被活化的单体与游离的氨基反应交联，形成肽键。在这一步中，使用大量的超浓度试剂促进反应。循环：这两个阶段的反应反复循环直到合成完成。
3、洗脱保护：多肽从色谱柱上洗脱，其保护基受一种脱保护剂(TFA)洗脱保护。
